人間型人間サイズ戦艦・シファとミスフィの秘密兵器としての温存を日本政府およびアジア共同体は選択した。友好関係にあるCIAが情報秘匿の段階から情報管理の段階へ移そうと提案しても、日本政府首脳の決意は固い。そのなか、多国間海賊団MAPUの名をかたった細菌散布事件が起きた。劇的な増殖はしないその菌は、さまざまな除去活動にも抵抗し、ついに羽化に至る。それでもシファとミスフィは秘匿しておきたい日本政府と、シファの理解者であり恋人である内閣調査庁分析官・鳴門は板挟みになっていく。
新首都新淡路市の危機を、シファたちは解決できるか!?
新首都新淡路市の危機を、シファたちは解決できるか!?