ある日、ネギは授業が終わって職員室に戻る。いつもとなにか違うと思ってあたりを見回してみると、しずな先生がいない。いつもこの時間には必ず席にいるのに今日に限って唐突にいない。しかも他の先生もしずな先生がどこへ行ったのか知らないというのだ。なにかが変だと感じたネギは、しずな先生の机に向かう。すると、しずな先生の机の上には一冊の本が。この本を少し調べてみると、魔法のかかっている痕跡がみつかり、ネギはしずな先生捜索を始める。しかし、そこにはとんでもない壁が立ちはだかっているとは知らず・・・。ネギ謀'sはアドベンチャーを進めながらクイズを解いて、謎を解明するゲームです!!